در پی تصمیم کتابخانه مرکزی دانشگاه تهران به نامگذاری یکی از سالن‌هایش به یاد ایرج افشار ، روزنامۀ دولتی کیهان با ایراد اتهاماتی از جمله حمایت از بهائیان ، وابستگی به خاندان پهلوی و ارتباط با فراماسونری ، به ایرج افشار حمله کرد . در پی این حملات پایگاه اطلاع‌رسانی رهبر ایران مصاحبه‌ای با دکتر غلامعلی حداد عادل انتشار داد که در آن حداد عادل از دیدار مقام معظم رهبری با ایرج افشار صحبت کرده بود . همچنین ایرج افشار در سال‌های پایانی عمر به درخواست مقام معظم رهبری با وی دیدار داشت .

مقام معظم رهبری در پیامی به ایرج افشار نوشته بود :

من از دورانی که شما سردبیر مجله‌ی سخن بودید ، مقالات و نوشته‌های شما را می‌خواندم تا بعد در مجله‌ی راهنمای کتاب و ... من از نثر فارسی شما خوشم می‌آید ، چون خون‌دار و جان‌دار است و نثر دلپذیر و درست و دلنشینی می‌نویسید .

پژوهشهای ایران‌شناسی نامواره دکتر محمود افشار ، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار ، چاپ اول ۱۳۸۴
دفتر تاریخ ، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار ، چاپ اول ، ۱۳۸۴
ریاض الفردوس خانی ، انتشارات بنیاد موقوفات دکتر محمود افشار ، چاپ اول ۱۳۸۵
فرهنگ ایران زمین در ۳۰ جلد به کوشش ایرج افشار
نامه‌های تهران شامل ۱۵۴ نامه از رجال دوران به سید حسن تقی زاده ، به کوشش ایرج افشار ، انتشارات فرزان روز چاپ دوم ۱۳۸۵
گلگشت در وطن سفر نامچه انتشارات اختران چاپ اول ۱۳۸۴
فهرست دستنویس‌های فارسی در کتابخانهٔ ملی اتریش و آرشیو دولتی اتریش در وین انتشارات فرهنگستان علوم اتریش - فهرستگان چاپ اول ۱۳۸۲
زندگی طوفانی ؛ خاطرات سید حسن تقی‌زاده
روزنامه خاطرات امین لشکر ، تایف میرزا قهرمان امین لشکر ، به اهتمام ایرج افشار ، انتشارات اساطیر ، چاپ اول ۱۳۷۸
مسافرت نامه کرمان و بلوچستان ، تایف عبدالحسین میرزافرمانفرما ، به کوشش ایرج افشار ، انتشارات اساطیر ، چاپ اول ۱۳۸۳
خاطرات دیوان بیگی (میرزا حسن خان) ، تایف میرزا حسن خان ، به کوشش ایرج افشار و محمدرسول دریاگشت ، انتشارات اساطیر ، چاپ اول ۱۳۸۲
خاطرات سردار اسعد بختیاری ، تالیف جعفر قلی خان امیر بهادر ، به کوشش ایرج افشار ، انتشارات اساطیر ، چاپ سوم ۱۳۹۲
کتابشناسی فردوسی و شاهنامه (از آغاز نوشته‌های پژوهشی تا سال ۱۳۸۵) ، گردآوری ایرج افشار ، انتشارات میراث مکتوب ، چاپ اول ناشر : ۱۳۹۰
چهل سال تاریخ ایران ۳جلد ، تایف محمد حسن خان اعتماد السلطنه ، به اهتمام ایرج افشار ، انتشارات اساطیر ، چاپ دوم ۱۳۷۵

نخستین کتاب شناسی ملی ایران توسط ایرج افشار منتشر شد . افشار مقاله‌های پارسی را در زمینه ایران شناسی در ۶ جلد به چاپ رسانده‌ است . این شش جلد بالغ بر چهل سال از زندگی وی را در بر گرفته‌ است .

مجموعه مقالاتی که ایرج افشار در مجلات و یادنامه‌ها به چاپ رسانده‌ است ، در حدود بر دوهزار مقاله‌ است . کتاب‌هایی که ایشان در زمینه فرهنگ ، تارخ و ادب ایران انتشار داده‌اند بالغ بر سیصد جلد می‌شود . این کمیت شاید در میان معاصران بی نظیر باشد .